داستان با نمایش زنی سیاه پوش آغاز می‌شود که به محاصره‌ی پلیس درآمده اما موفق می‌شود با استفاده از قدرت‌های فراطبیعی، خود را از شرایطی که در آن گرفتار شده بود نجات دهد. با این حال، تعقیب و گریز همچنان ادامه داشته و اینبار نه تنها افسران پلیس، بلکه مامورانی کت و شلوار پوش هم به دنبالش هستند. زن بی‌نام و نشان خودش را به باجه‌ی تلفن رسانده و قبل از اینکه یکی از ماموران بتواند با کامیون باجه را نابود کند، تلفن در حال زنگ خوردن را برمی‌دارد. بدین ترتیب، قبل از تصادف ناپدید می‌شود.
داستان سپس به سراغ فردی به نام توماس اندرسون می‌رود که هکر بوده و با نام مستعار نئو شناخته می‌شود. او حس می‌کند یک جای دنیایی که در آن زندگی می‌کند می‌لنگد اما نمی‌داند کجا. در حالی که نمی‌تواند به آرامش رسیده و ایراد دنیای اطرافش را بیابد، فردی به نام ترینیتی با او تماس گرفته و ضمن اشاره به مفهومی ناشناخته به نام ماتریکس، می‌گوید باید خرگوش سفید را دنبال کند. پس از این اتفاق، توماس به یک مهمانی رفته و با ترینیتی ملاقات می‌کند. او به شخصیت اصلی Matrix می‌گوید مورفیوس پاسخ سوال‌هایی که در ذهنش به وجود آمده‌اند را دارد. روز بعد، توماس مطابق روزهای عادی به محل کارش می‌رود اما اینبار اتفاق عجیبی رخ می‌دهد. گروهی از افسران پلیس و ماموران کت و شلوار پوش دنبال او می‌گردند.
بیداری
مورفیوس سعی می‌کند از طریق تلفن همراه توماس اندرسون را راهنمایی کرده و او را از محل کارش فراری دهد اما موفق نمی‌شود. مامور اسمیت به دنبال فردی به نام مورفیوس می‌گردد و از توماس می‌خواهد در یافتنش به آن‌ها کمک کند. به گفته‌ی مامور، مورفیوس یک تروریست مشهور است. با این حال، پروتاگونیست چیزی نمی‌گوید چون چیز خاصی نمی‌داند. او نهایتا به ملاقات با مورفیوس می‌رود. سیاهپوست مرموز دو کپسول با رنگ‌های قرمز و آبی را جلوی توماس قرار داده و درخواست می‌کند یکی از آن‌ها را بردارد؛ کپسول‌هایی که هر کدام پیامدهای متفاوتی را به همراه دارند. یکی از کپسول‌ها، شخصیت اصلی را به زندگی عادی‌اش بازمی‌گرداند و دیگری هم باعث فاش شدن حقایقی درباره‌ی ماتریکس می‌شود.
توماس اندرسون پس از اینکه کپسول قرمز رنگ را انتخاب می‌کند، از رویا بیدار شده و خودش را درون محفظه‌ای می‌بیند که از مایه‌ی چسبناکی پر شده است. او همچنین متوجه‌ی بی‌شمار انسانی می‌شود که در اطراف او قرار داشته و به یک سیستم بیوالکتریسیتی متصل هستند؛ با این تفاوت که اتصال او به دستگاه قطع شده اما آن‌ها همچنان به دستگاه متصل هستند. بعد از اینکه از محفظه خارج می‌شود، مورفیوس با استفاده از هاورکرافت به سراغش آمده و او را سوار می‌کند. پس از اینکه شرایط نئو به حالت طبیعی بازگشت، مورفیوس به ملاقات با او رفته و حقایق را برایش توضیح می‌دهد. طبق گفته‌های او، قرن بیست و یک بوده و در گذشته جنگی میان انسان‌ها و ربات‌های هوشمند رخ داد. از آن‌جایی که انسان‌ها در جریان نبرد منبع انرژی را از ربات‌ها گرفته بودند، موجودات فلزی از الکتریسیته‌ی موجود در بدن انسان‌ها به عنوان منبع انرژی استفاده می‌کنند. از آن‌جایی هم که بتوانند از تمام پتانسیل بدن انسان بهره ببرند، ماتریکس یک دنیای خیالی را طراحی کرده‌اند.
مورفیوس در ادامه‌ی صحبت‌های خود فاش می‌کند ربات‌ها تمام سیاره‌ی زمین را گرفته‌اند و زایون تنها شهری است که انسان‌ها در آن سکونت دارند. شخصیت مرموز همچنین می‌گوید او و تیمش در واقع یک گروه شورشی‌اند که به دنبال هوشیار کردن تعداد زیادی از انسان‌ها هستند تا سرانجام ربات‌ها را شکست دهند. او تاکید دارد مرگ در داخل ماتریکس، مرگ بدن را به همراه خواهد داشت. همچنین ماموران کت و شلوارپوش وظیفه‌ی محافظت از سیستم را بر عهده داشته و بسیار قدرتمند هستند. موفیورس در انتهای صحبت‌های خود می‌گوید تهدیدها تنها به داخل Matrix خلاصه نمی‌شود. ربات‌هایی تحت عنوان سنتینال وجود دارند که وظیفه‌شان یافتن افراد شورشی در دنیای واقعی و نابود کردنشان است. بعد از اتمام صحبت‌ها، مرفیوس و نئو در دنیای ماتریکس تمرین می‌کنند تا بدین ترتیب، شخصیت اصلی بتواند مهارت‌هایش را افزایش داده و نحوه‌ی بهره بردن از قدرت‌های فراطبیعی را یاد بگیرد.
منجی دروغین
شخصیت‌های اصلی داستان وارد ماتریکس می‌شوند تا به ملاقات با اوراکل بروند. او کسی است که ظهور منجی را پیش‌بینی کرده است. اوراکل به نئو می‌گوید اگرچه موهبت‌هایی دارد اما منجی نیست. آن‌ها در راه برگشت توسط ماموران مورد کمین قرار می‌گیرند. نرم افزارهای امنیتی به لطف سایفر از تمامی برنامه‌ریزی‌ها خبر داشته و بدین طریق، توانستند مورفیوس را دستگیر کنند. سایفر قبل از دیگران خودش را به دنیای واقعی بازگردانده بود و سپس خدمه را به قتل رساند؛ زیرا از وعده‌های توخالی مورفیوس خسته شده بود و می‌خواست زندگی راحتی در ماتریکس داشته باشد؛ چیزی که ماموران وعده‌اش را داده بودند. با وجود اقدامات سایفر، یکی از خدمه‌ها زنده مانده و ضمن کشتن این خیانتکار، شخصیت‌های اصلی را به دنیای واقعی بازمی‌گرداند.
مامور اسمیت، مورفیوس را به یک ساختمان برده و سعی دارد به واسطه‌ی بازجویی، کدهای دسترسی به رایانه‌های اصلی زایون را بفهمد اما با مقاومت دشمنش روبرو می‌شود. تانک فردی که سایفر را کشت می‌خواهد مورفیوس را در دنیای واقعی بکشد تا از لو رفتن کدها جلوگیری کند؛ زیرا می‌داند مورفیوس به واسطه‌ی سرمی که به او تزریق شده نهایتا کدها را خواهد گفت. شخصیت اصلی Matrix مداخله کرده و پیشنهادی را مطرح می‌کند که ارزش امتحان کردن دارد. او به همراه ترینیتی وارد ماتریکس شده و مورفیوس را نجات می‌دهد. پس از چند درگیری، مورفیوس و ترینیتی از دنیای مجازی خارج شده اما نئو موفق به چنین کاری نشده و مجبور می‌شود به مبارزه با مامور اسمیت بپردازد. پروتاگونیست شکست خورده و در اثر برخورد چند گلوله می‌میرد اما بوسه‌ی ترینیتی باعث می‌شود زنده شده، جلوی حرکت گلوله‌هایی که به سمتش شلیک شده را گرفته و نهایتا آنتاگونیست را شکست دهد. این اتفاق، شخصیت‌های اصلی را به قطعیت می‌رساند که نئو همان منجی است.
خلاصه‌ی داستان فیلم The Matrix Reloaded
کارگردانان: برادران واچوفسکی
سال اکران: ۲۰۰۳
بودجه: ۱۲۷ الی ۱۵۰ میلیون دلار
میزان فروش: ۷۴۱ میلیون دلار
